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平成25年度税制改正により、平成28年1月から公社債の課税方式が大きく変わる。現在、20％源泉分離課税となっている利子と非課税となっている譲渡を20％申告分離課税の対象とする。雑所得に分類され総合課税となっている償還差益も譲渡収入とみなすことにより、20％申告分離課税の対象とする。公社債の課税方式の変更は、上場株式等と同じ課税方式にすることで現在、上場株式等の譲渡損失と上場株式等の配当所得間でしか認められていない損益通算を、これらの所得間でも可能にするため。
損益通算範囲が拡大される公社債（特定公社債）の対象となるのは、国債、地方債、公募公社債、上場公社債等。これ以外の公社債や私募債の利子は20％源泉分離課税が維持されるが、償還金は20％申告分離課税の対象とする。ただし、同族会社が発行した社債の利子や償還金でその同族会社の役員等が支払を受けるものは、総合課税の対象とする。譲渡は非課税から除外し、20％申告分離課税の対象とする。
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